Nhằm đối phó với những hoạt động của Tổ chức Cộng sản Sarawak, chính phủ Sarawak và chính phủ liên bang Malaysia sử dụng nhiều hoạt động trấn áp khác nhau. Ngày 30 tháng 6 năm 1965, chính phủ Sarawak thi hành kế hoạch Goodsir, theo đó tái định cư 7.500 người dân trong 5 "khu định cư tạm thời" dọc theo đường Kuching-Serian tại các tỉnh thứ Nhất và thứ Ba của Sarawak, kế hoạch được đặt tên theo quyền ủy viên cảnh sát Anh Quốc tại Sarawak là David Goodsir.[2][18] Những khu định cư này được bảo vệ bằng dây thép gai và học theo mô hình những Tân Thôn thành công được sử dụng trước đó trong Tình trạng khẩn cấp Malaya. Giống như kế hoạch Briggs, "vùng kiểm soát" của kế hoạch Goodsir thành công trong việc loại bỏ khả năng tiếp cận nguồn cung lương thực, vật liệu cơ bản, và tin tức của Tổ chức Cộng sản Sarawak từ những ủng hộ viên người Hoa của họ.[1] Đến cuối năm 1965, 63 nhà hoạt động được nhà đương cục xác định là Cộng sản. Đến cuối năm 1965, chính phủ liên bang xây dựng ba khu định cư vĩnh cửu tại Siburan, Beratok, và Tapah nhằm thay thế cho 5 khu định cư tạm thời, chúng có diện tích 600 acre (2,4 km²) và được thiết kế để làm chỗ ở cho 8.000 dân cư.[19]

Đến ngày 22 tháng 7 năm 1966, Thủ tướng Malaysia Tunku Abdul Rahman ước tính rằng có khoảng 700 người cộng sản tại lãnh thổ của Indonesia trên đảo Borneo và khoảng 2.000 cảm tình viên. Tunku Abdul Rahman cũng đưa ra đề xuất ân xá và dẫn qua an toàn đối với các du kích của Tổ chức Cộng sản Sarawak trong Chiến dịch Harapan, song chỉ có 41 binh sĩ du kích chấp thuận đề nghị này. Việc kết thúc Đối đầu Indonesia-Malaysia cũng cho phép thiết lập hợp tác quân sự giữa lực lượng vũ trang Indonesia và Malaysia nhằm chống lại du kích Tổ chức Cộng sản Sarawak tại Borneo. Vào tháng 10 năm 1966, hai chính phủ chấp thuận để lực lượng vũ trang của họ được vượt biên trong những hoạt động "truy kích nóng". Từ năm 1967 đến năm 1968, lực lượng quân sự Indonesia và Malaysia tiến hành các hoạt động chung nhằm chống lực lượng cộng sản Sarawak, gây tổn thất ngày càng nghiêm trọng cho cả Lực lượng Du kích Nhân dân Sarawak và Quân Giải phóng Bắc Kalimantan. Do suy giảm về nhân lực, tài nguyên, và ngày càng bị cô lập, Tổ chức Cộng sản Sarawak chuyển từ chiến tranh du kích theo hướng tái lập liên kế của phong trào với quần chúng, bao gồm cả những dân tộc bản địa, nhằm duy trì "đấu tranh vũ trang".[20]

Trong tháng 2 năm 1969, tập thể lãnh đạo của Đảng Nhân dân Liên hiệp Sarawak đảo nghịch chính sách chống Malaysia của mình sau một hội nghị giữa lãnh đạo đảng là Dương Quốc Tư (杨国斯) và Thủ tướng Tunku Abdul Rahman. Trước đó, Đảng Nhân dân Liên hiệp Sarawak là đảng đối lập tả khuynh chính tại Sarawak và nhận được sự ủng hộ từ cộng đồng người Hoa của Sarawak. Một số thành viên của đảng này cũng là thành viên của các tổ chức có liên hệ với cộng sản như Hội Thanh niên Tiên tiến (SAYA), Tổ chức Nông dân Sarawak, và cánh du kích của Đảng Nhân dân Brunei là Quân đội Quốc gia Bắc Kalimantan. Những thành phần cộng sản trong Đảng Nhân dân Liên hiệp Sarawak suy giảm do kết quả một cuộc trấn áp toàn quốc do nhà cầm quyền tiến hành từ năm 1968 đến 1969. Sau tổng tuyển cử cấp bang vào tháng 7 năm 1970, Đảng Nhân dân Liên hiệp Sarawak gia nhập một liên minh với các đối tác trong Nghị hội bang Sarawak. Điều này cho phép chính phủ liên bang Malaysia củng cố quyền kiểm soát của họ đối với Sarawak. Đổi lại, Dương Quốc Tư được bổ nhiệm vào ủy ban an ninh của bang, cho phép đảng có ảnh hưởng đến các chiến dịch trấn áp và chăm sóc phúc lợi cho những đảng viên bị tạm giữ và những người Hoa định cư trong những trung tâm tái định cư[2][21]

Ngày 25 tháng 3 năm 1969, lực lượng Indonesia loại bỏ nhánh thứ ba của Lực lượng Du kích Nhân dân Sarawak tại Songkong thuộc Tây Kalimantan sau một trận kéo dài hai ngày, tiêu diệt quân đoàn lớn nhất của họ. Nhằm thay thế Lực lượng Du kích Nhân dân Sarawak bị tiêu hao nhiều, Tổ chức Cộng sản Sarawak thiết lập Lực lượng Du kích Nhân dân Bắc Kalimantan tại Nonok vào ngày 13 tháng 7 năm 1969.[22]